大隊列流式樣本編碼策略
在大隊列流式樣本研究中,為保證樣本間實驗操作的一致性,通常會先對每份樣本進行barcoding編碼,然后將所有樣本混合成1管,進行統(tǒng)一的后期抗體染色等實驗步驟。同批次對多個樣本進行處理,可節(jié)約抗體等試劑,節(jié)省操作時間和重復性操作成本,減少因人工操作和機器狀態(tài)帶來的單個樣本差異性,極大的提高實驗結(jié)果的可靠性和準確性。
本次實驗采用活細胞barcoding編碼方案,用Cd(111Cd、112Cd、116Cd)和Pt(194Pt、195Pt、196Pt、198Pt)標記的CD45作為編碼抗體試劑,從7種同位素中任選3種,以金屬組合編碼的方式標記不同細胞樣本,將樣本編碼上限拓展到了35人份。相比于市面上的20-plex Pd Barcoding編碼需要先對細胞進行固定破膜,使用活細胞barcoding編碼可以避免部分抗體在固定破膜后特異性不好、染色效果不佳的缺陷。
本實驗使用
譜康醫(yī)學 MSFLO 質(zhì)譜流式細胞儀
分析檢測 35 人份混合編碼的外周血樣本免疫細胞。MSFLO 質(zhì)譜流式細胞儀是先進的懸液單細胞蛋白檢測平臺,具備高靈敏、高通量、多靶標的單細胞蛋白組學檢測能力,以及溶液、單細胞、單顆粒等多種工作模式,其強大的算法可實現(xiàn)多種單細胞編碼方式的解碼功能。
此外,該編碼方式具備一定的可拓展性,以Cd(7種金屬同位素)和Pt (4種金屬同位素)標記的CD45為例,采用11選3方案,最多可進行165人份樣本同批次處理與單管上樣,為臨床大樣本隊列和高通量藥物篩選研究做準備。
應用方案
儀器配置
MSFLO 臺式質(zhì)譜流式細胞儀
實驗設計
(1)Barcoding 設計
(2)主要試劑
結(jié)果分析
通過算法對混合樣本進行解碼,可有效鑒別35種編碼方式對應的35個樣本文件,熱圖和tSNE也能進一步證實35個樣本之間區(qū)分明顯,分離效果優(yōu)秀。
(1)文件解碼
(2)可視化分析
35個樣本CD45 histogram
35個樣本CD45 heatmap
35個樣本tSNE分布
(3)對解碼后35個樣本進行CD4/CD8 T cells、B cells、Monocytes和NK cells分群圈門,各細胞亞群分群效果較好,亞群比例統(tǒng)計結(jié)果如下:
解碼后的35個樣本以CD4/CD8 T細胞為例的分群效果:
譜康醫(yī)學 MSFLO 質(zhì)譜流式細胞儀致力于為生命科學領域提供強大的單細胞、多靶標檢測技術手段,滿足單細胞 40 色及以上檢測指標需求,且通道間基本無串擾、無需調(diào)節(jié)補償,背景信號低,工作模式豐富,為不同科學研究領域提供強有力的技術解決方案。
聚光科技生命科學板塊旗下杭州譜康醫(yī)學科技有限公司,成立于2020年,以流式細胞檢測技術為核心,提供專業(yè)化的硬件及配套試劑,同時為客戶開發(fā)開展定制化服務。公司堅持流式細胞儀產(chǎn)業(yè)化協(xié)同發(fā)展戰(zhàn)略,擁有高學歷流式設備專業(yè)研發(fā)團隊,標準化的GMP生產(chǎn)車間,豐富的實驗室建設經(jīng)驗,成熟的實驗室管理體系,已經(jīng)全面掌握流式核心的設備制造技術及設備集成的開發(fā)能力,旨在為客戶提供整套細胞解決方案。
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